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mapchart染色体定位图怎么做

时需进行注册，提交邮箱信息方便license file文件，并将的MapChart.lic添加到路径，以免影响软件使用。

准备数据

整理染色体的名称、长度信息，以及染色体上需要标注的基因的位置信息，只需要填写基因的起始位置即可，例如:

注意：

1、每一条染色体都用“chrom”开头来表示（其中连锁群用“group”表示，请注意二者的区别），各组成部分之间用空格分隔即可（空格数量不做限制，但为了数据显示更美观，建议保持一致），每个“chrom”对应的基因均归属于该染色体上。

2、基因之间有先后顺序，严格按照在染色体上的先后顺序排列;

3、各行之间可以有空行，如需注释掉某行内容，行首输入半角下的“;”，此行内容将不会在图片中显示;

4、如需添加第二条染色体数据，可以直接在数据后面添加，格式同上。

基础绘图

软件在正常完成后，打开显示的界面如下图：

开始绘图时，先点击File->New（见下图A），打开对应的绘图操作界面（见下图B）。弹出的操作界面包含两个页面，一个是Data，另一个是Chart。Data用于填写、调整和修改数据，Chart则会根据Data中的内容直接生成对应的图片。

比如，把之前准备好的数据直接复制粘贴到Data里（见下图A），然后点击Chart，就能在这个页面看到最原始的图片（见下图B）。需要注意的是，如果要绘制的染色体数量比较多，Chart页面里的图片可能会分成好几页显示。

细节调整

在Data页面中，可以在每行基因信息的后方添加设置，包括字体类型、文字大小、颜色。譬如下图A中在基因A 后添加的信息：

1、 BIU，控制字体类型，B表示加粗，I表示斜体，U表示下划线，这些可以任意组合;

2、 S30，S控制大小，30对应30pt

3、 C3，C对应颜色，C3具体是绿色。

此外，还能对整条染色体区域进行颜色填充，比如在该chrom下填写“segments”， (另起一行)起始位置与颜色控制。各成分之间依旧以空格分隔(上图A)，之后就能在Chart里查看染色体图片细节的变化(上图B)。

同时，通过Tools->chart options等，设置图片其他的一些属性，包括整个图片背景、图片titile、位置等调整。

在完成图片的相关设置后，可通过Chart -> print路径，选中Adobe PDF（该虚拟打印机需提前准备好），再选择需要打印的页面，以此将文件保存为pdf格式。另外，也可以直接通过Chart->copy page操作，然后进入Ai软件进行粘贴即可。

其他

Mapchart的设置包含不少细节处理，这些具体的设置方法可以通过软件的案例数据来学习。软件提供了六套数据（可在路径下的Examples文件夹中找到），通过File->Open可以打开这些数据，之后借助每套数据的Data和Chart页面来理解设置与图片显示之间的具体对应关系，进而学习每一个设置的概念。